O Japão tomou conhecimento do cristianismo, entre 1549 e 1551, pelo trabalho evangelizador de São Francisco Xavier. A semente germinou e deu muitos e bons frutos e, em poucas décadas, já havia pelo menos trezentos mil cristãos naquele território, o Império do sol nascente. A catequese frutificou não só pelo trabalho árduo, sério e respeitoso dos jesuítas, mas também graças à coragem, à ousadia e à intrepidez dos catequistas locais, nomeadamente, Paulo Miki e os seus jovens companheiros.
Paulo Miki nasceu em 1564, filho de pais abastados, foi educado no colégio dos Jesuítas em Anziquiama, no Japão. A vida no colégio e a forma de ser e estar dos jesuítas despertaram em Paulo o desejo de se juntar à Companhia de Jesus. Foi aceite e tornou-se um extraordinário pregador.
Devido à sua língua e cultura, teve muitas dificuldades em estudar latim; em compensação, tornou-se um especialista em religiosidade local, o que fez dele um exímio pregador, capaz de manter contacto com as autoridades budistas.
Não havendo um bispo na região de Fusai, naquela época, Paulo Miki não pôde ser ordenado sacerdote no tempo previsto, no entanto, esse facto não esmoreceu a sua fé nem o seu trabalho evangelizador. Mais tarde, veio a tornar-se o primeiro sacerdote jesuíta em terras nipónicas, conquistando inúmeras conversões com humildade e paciência.
A Paciência não era das virtudes cultivadas pelo imperador Toyotomi Hideyoshi. Inicialmente, revelara-se simpatizante do catolicismo mas, em pouco tempo, tornou-se seu feroz opositor e perseguidor. Devido à conquista da Coreia, o Japão cortou os laços diplomáticos com a Espanha em particular e com o Ocidente em geral, originando uma perseguição cerrada contra todos os cristão, incluindo alguns missionários franciscanos espanhóis que tinham chegado ao Japão através das Filipinas e que tinham sido bem recebidos pelo próprio Imperador.
Os católicos foram sumariamente expulsos do país, mas muitos ousaram resistir e permaneceram. Só que a repressão não tardou e foi implacável. Primeiro foram presos franciscanos, logo depois Paulo Miki com mais dois jesuítas e de outras ordens religiosas, entre os quais Gonçalo Garcia, e alguns leigos japoneses.
Estes cristãos sofreram terríveis humilhações e torturas públicas. Foram levados em cortejo de Meaco a Nagasaki, tornando-se alvo de violência e escárnio, enquanto seguiam para o local onde seria executada a pena de morte por crucificação. Alguns dos companheiros de Paulo Miki eram muito jovens, adolescentes ainda, no entanto, enfrentaram a pena de morte com a mesma coragem e paciência que viam em Paulo Miki. Tomás Cozaki tinha catorze anos,António, treze e Luis Ibaraki tinha só onze anos de idade.
Da sua cruz, Paulo perdoou aos seus algozes e pronunciou um derradeiro sermão apaixonado e fervoroso, exortando todos a seguir a Cristo para serem salvos. Como Cristo, pouco antes de expirar, Paulo invocou a Deus Pai, em cujas mãos entregou seu espírito.
O lugar onde estes seguidores de Jesus Cristo receberam o martírio por crucificação, em fevereiro de 1597, ficou conhecido como Monte dos Mártires ou Colina dos Mártires. Paulo Miki e os seus companheiros foram canonizados pelo Papa Pio IX, em 1862.
Os crentes dispersaram-se para escapar às contínuas perseguições e massacres e muitos deles organizaram as suas vidas ao longo do rio Urakami, nas proximidades de Nagasaki. Lá, continuaram a viver a fé, apesar da ausência de padres: tentavam pôr em pratica o que tinham recebido.
Quando foi possível o regresso dos missionários, as igrejas foram (re)construídas, inclusive em Nagasaki, a pouca distância da comunidade cristã clandestina. Esta comunidade perdera todo o contacto com a Igreja Católica, mas guardava como um tesouro três critérios de reconhecimento recebidos dos seus ancestrais: “Quando a Igreja voltar ao Japão, reconhecê-la-ão por três sinais: os padres não são casados, haverá uma imagem de Maria e esta Igreja obedecerá ao papa-sama, isto é, ao Bispo de Roma”. E assim aconteceu dois séculos e meio depois, quando os cristãos do Império do sol nascente se puderam reencontrar com sua Santa Mãe, a Igreja.
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